人間というものは万物中最高級の生物であり、神秘霊妙でとても人智では計り得ないものがあるということについては総論一を通して学んできました。科学ではそうした霊的な深い点については今のところ未だ確認されていません。霊は無に等しいものであるため、現在までの唯物科学では発見されなかったのも無理からぬところです。
明主様は、真の病原については“霊の曇り”であることを突き止められましたが、その本質については“不純水素”であると説いておられます。この霊的な極微粒子が無色透明な霊を曇らせ、翳りを構成しているのです。これを「日本医術・浄霊」によって火素を主体にした神秘光線を放射し、焼尽することによって病原が根絶されるということになるのです。
『之を説くに当っては、先づ人間の霊に発生する曇りを知る事である。本来霊の本質は無色透明にして、最も稀薄な一種のエーテルである。此エーテルはその密度の高い事は、今日の顕微鏡の何百倍でも見る事を得ない程の超微粒子であって、それへ発生する曇りというのは不純水素の集合体であって、即ち純粋水素中に異物が混合してゐるのである。では右の如き不純水素が何故発生するかといふと、之こそ濁血の霊化したものである。既記の如く人間は霊主体従であると共に、霊体一致でもあるからである』
（医学革命の書「結核の病原」より）
『この火素が不純水素に向って放射されるや、水素中の毒粒子のみ一瞬にして焼尽される。つまり病原を焼いてしまうのである。というのは体的不純物と異い、霊的の方は霊熱でなくては焼けないからである』
（栄光二四三号「浄霊は科学療法なり」より）
人間の霊体に曇りが発生し、時日を経て、それがある程度堆積すると第二浄化作用として何がしかの病気症状が現れたり、急激な場合には、取り返しのつかない病気に罹ってしまうということになるわけですが、そうした結果に至る以前の、ごく早期の段階で、霊の曇りの本体である不純水素を取り除いていくということが「日本医術・浄霊」の場合は可能なのです。
『一体曇りの本質は何かというと、これこそ無色透明である霊に不透明な部分が発生するそれをいうのであって、これが真の病原であるから、これを払拭すれば病気は治るに決っている。この方法が浄霊であるから、浄霊とは読んで字の如く霊の曇りを浄める手段で、これが真の医術である』
（栄光二四三号「浄霊は科学療法なり」より）